Основная сюжетная ветка в переделанном варианте перешла из Прорыва.

На дворе зима 2013 года. Кольский полуостров, Мурманская область. Здесь, в лесных окрестностях города Полярные зори располагается метеостанция, где вахтовым методом работает двое сотрудников.

Приблизительно один год прошёл начиная с истории сталкера Меченного. Вы - военный лейтенант Прибой Слипченко, и Вас послали в Зону... Была секретная организация, названная UHSF, и именно они были ответственны за инцидент.

Модификация Stalker Плохая компания 2: Масон прямо продолжает моды «Связной» и «Плохая компания» и своей целью имеет продемонстрировать совершенно новый подход в создании сюжетных модификаций.

События «The Journey» разворачивается через 20 лет после событий оригинальной трилогии.

Действия сюжета происходят примерно через 2 недели после начала событий S.T.A.L.K.E.R.

Сталкер Возвращение в Зону – модификация, добавляющая в игру целых два новых режима, каждый из которых может предложить много нового, включая сюжет, лут, миссии, и не только…

Сюжет мода Сталке Возвращение Шрама 2 рассказывает о том, что происходило со Шрамом после окончания сюжета приквела Чистое небо.

История про сталкера по прозвищу Жекан, который попал в зону отчуждения для поиска легендарного исполнителя желаний.

Ермак устал от жизни наемника. Это его последний рейд. Командир группы Лектор отправляет Ермака на последнюю миссию, после которой он получит огромное вознаграждение и возможность уйти из Зоны на заслуженную пенсию.